الرئيس عبدالفتاح السيسي يصدر تعديلين تشريعَين على قانونَي إنشاء مجلسي الأمن القومي والدفاع الوطني. ويتضمّن التعديل الأول الصادر بالقرار بقانون 123 لسنة 2015 تعديل المادة 5 من قانون إنشاء مجلس الأمن القومي الخاصة بتنظيم الأمانة العامة للمجلس، لتنصّ على أن "تنشأ برئاسة الجمهورية أمانة عامة للمجلس برئاسة أمين عام وعدد كافٍ من الأعضاء، وتحدّد اختصاصات الأمانة العامة ووظائفها وكيفية اختيار أعضائها ونظام العمل بها بقرار من رئيس الجمهورية. وتدرج الاعتمادات المالية الخاصة بالأمانة العامة في فرع مستقل بموازنة رئاسة الجمهورية. ويصدر باختيار الأمين العام قرار من رئيس الجمهورية، ويحدد القرار الدرجة الوظيفية والمعاملة المالية له". وبناء على هذا التعديل أصدر السيسي أيضًا القرار الجمهوري 556 لسنة 2015 بتعديل المادة الأولى من قرار تنظيم الأمانة العامة لهذا المجلس، بحيث "تدرج الاعتمادات المالية الخاصة بالأمانة في فرع مستقل بموازنة رئاسة الجمهورية". أمّا التعديل الثاني الصادر بالقرار بقانون 124 لسنة 2015 فيتضمّن تعديل المادة 6 من قانون مجلس الدفاع الوطني الخاصة بتنظيم الأمانة العامة للمجلس، لتصبح "تنشأ برئاسة الجمهورية أمانة عامة للمجلس برئاسة أمين عام وعدد كافٍ من الأعضاء من ضبّاط القوات المسلحة أو غيرهم، وتحدّد اختصاصاتها ووظائفها ونظام العمل بها بقرار من رئيس الجمهورية بناءً على عرض وزير الدفاع. وتدرج الاعتمادات المالية الخاصة بالأمانة العامة في فرع مستقل بموازنة رئاسة الجمهورية". وبناء عليه أصدر السيسي قرارًا جمهوريًّا برقم 557 لسنة 2015 بتعديل المادتين الأولى والرابعة من قرار تنظيم الأمانة العامة لهذا المجلس، بحيث "تدرج الاعتمادات المالية الخاصة بالأمانة العامة في فرع مستقل بموازنة رئاسة الجمهورية، ويعين أعضاء الأمانة من ضباط القوات المسلحة وغيرهم من الجهات المختصة بقرار من الرئيس بناء على ترشيح وزير الدفاع، على ألا تقل درجة أي منهم عن الدرجة الممتازة أو ما يعادلها".