مجلس القضاء الأعلى، برئاسة المستشار أحمد جمال الدين عبد اللطيف، يعترض على بعض النصوص الواردة بمشروع قانون مكافحة الإرهاب فيما يتعلّق بتعديل النظام القضائي بشأن قضايا الإرهاب. ويقول المجلس في بيان له إنّه اقترح بعض التعديلات على الموادّ المرسلة إليه، وأعادها إلى مجلس الوزراء. ورأى المجلس أنّه يجب تعديل موعد الطعن على حكم أول درجة ليصبح 60 يومًا بدلًا من 40 كما ينصّ مشروع القانون. ويعترض المجلس - أيضًا - على ما تضمّنه المشروع من إنشاء محكمة مختصة بجرائم الإرهاب تكون على شاكلة محكمة الأسرة أو المحكمة الاقتصادية، وارتأى مجلس القضاء أن يقتصر مشروع القانون الجديد على إنشاء دوائر بمحاكم الاستئناف لنظر قضايا الاٍرهاب على وجه السرعة. كما يعترض مجلس القضاء على ما نصّ عليه المشروع من أنّ "حضور المحامي الموكّل من المتّهم الغائب يغني عن حضور المتّهم"، مؤكّدًا أنّ هذا المقترح ينال من ضمانات التقاضي التي تتطلّب حضور المتّهم.